小麦籽粒的颜色有红色、琥珀色、白色、黄白色、浅黄色、金黄色、深黄色、紫色等。近几年，我国育种专家还培育出黑色、蓝色等彩色小麦新品种。小麦籽粒颜色的深浅不同，主要是由于种皮色素层细胞所含色素不同的缘故，也受气候条件、收获季节及胚乳结构的影响。
红皮小麦具有休眠期厂、扛穗发芽能力强等特点，比白皮小麦分布广泛。白皮小麦因将的面粉麸星颜色浅、粉色白而受面粉加工业和消费者的欢迎；但国内外研究表明，小麦籽粒颜色与品质无必然联系。
优质小麦生产中不能单纯追求籽粒颜色，而应故居具体生态条件和终用途决定种植的小麦品种；面粉的颜色才是关键的，他与面团的颜色、食品特别是蒸煮食品的颜色密切相关。