石磨面粉机的研磨过程可完成将麦粒破碎，刮净麸皮上的胚乳，将胚乳磨成面粉的任务，研磨主要采用辊式研磨机，其主要构件是一对以不同速度相向旋转的磨辊，两磨辊间轧距很小，在0.07-1.2mm间，根据面粉机的类型而定。石磨面粉机械磨辊表面拉成齿数和齿角不同的磨齿。
通过液压装置调整两个磨辊的轧距，两磨辊在相向旋转过程中，完成对麦粒及各种在制品的研磨。研磨系统直接决定着面粉的质量。